Salah satu jenis keberatan yang paling umum adalah keberatan atas penetapan nilai pabean. Nilai pabean menjadi dasar penghitungan bea masuk dan pajak dalam rangka impor. Importir kerap mengajukan keberatan apabila merasa bahwa penetapan kembali nilai pabean tidak sesuai dengan transaksi sebenarnya. Sengketa terkait nilai pabean biasanya berkaitan dengan harga transaksi, biaya pengangkutan, royalti, serta elemen biaya lain yang dianggap atau tidak dianggap sebagai bagian dari nilai barang.
Jenis keberatan lain yang sering diajukan adalah keberatan terhadap klasifikasi barang. Penentuan pos tarif sangat menentukan tarif bea masuk yang harus dibayar. Ketidaksepakatan sering muncul ketika Bea dan Cukai menilai barang memiliki karakteristik yang berbeda dari yang diberitahukan importir. Apabila importir merasa klasifikasi yang ditetapkan tidak tepat dan tidak sesuai dengan sifat barang sebenarnya, maka keberatan diajukan untuk menguji kembali penetapan tersebut.
Keberatan juga dapat diajukan terkait asal barang atau origin. Asal barang mempengaruhi kelayakan fasilitas tarif preferensi dalam perjanjian perdagangan bebas. Jika Bea dan Cukai menolak atau membatalkan pemberlakuan tarif preferensi karena menilai dokumen asal tidak sah atau proses produksi tidak memenuhi ketentuan asal barang, importir berhak mengajukan keberatan untuk membuktikan keabsahan dokumen serta proses produksi yang digunakan.
Selain itu, ada keberatan terhadap penetapan larangan dan pembatasan. Dalam beberapa kasus, suatu barang dinilai tidak memenuhi ketentuan izin atau persyaratan teknis lainnya. Importir dapat mengajukan keberatan apabila mereka merasa telah memenuhi semua dokumen dan ketentuan yang dipersyaratkan, namun tetap dikenai tindakan penolakan atau penetapan tertentu oleh Bea dan Cukai.
Keberatan juga dapat muncul akibat hasil audit kepabeanan. Dalam audit pasca impor, pejabat Bea dan Cukai dapat menerbitkan surat ketetapan apabila ditemukan dugaan ketidaksesuaian. Importir memiliki hak untuk mengajukan keberatan apabila merasa bahwa penemuan audit tidak sesuai dengan keadaan sebenarnya atau terdapat penafsiran yang keliru terhadap dokumen dan transaksi perusahaan.
Dalam ranah pemeriksaan dan penindakan, keberatan dapat diajukan apabila importir dikenai sanksi administrasi atau tindakan tertentu yang dianggap tidak sesuai. Keberatan pada jenis ini umumnya menyasar ketepatan prosedur, proporsionalitas sanksi, serta dasar hukum yang digunakan oleh petugas.
Semua jenis keberatan tersebut memberikan kesempatan bagi pelaku usaha untuk memperoleh keadilan administratif. Keberatan merupakan instrumen yang memastikan bahwa setiap keputusan Bea dan Cukai dapat diuji ulang dalam kerangka hukum yang jelas. Dengan adanya mekanisme keberatan, sistem kepabeanan tetap menjaga keseimbangan antara kepastian hukum, perlindungan fiskal negara, dan kenyamanan pelaku usaha dalam menjalankan kegiatan perdagangan internasional.