Namun, dalam praktiknya, berbagai faktor dapat menimbulkan perbedaan pendapat, pelanggaran kontrak, atau ketidaksesuaian pelaksanaan transaksi yang berujung pada sengketa.
Sengketa antara eksportir dan importir merupakan hal yang umum terjadi, terutama karena kompleksitas sistem perdagangan lintas negara yang melibatkan perbedaan hukum, budaya bisnis, dan regulasi kepabeanan.
Hal ini bisa terjadi karena kesalahan produksi, perbedaan standar mutu antarnegara, atau kurangnya komunikasi antara pihak penjual dan pembeli.
Dalam kondisi seperti ini, importir dapat menolak menerima barang atau meminta kompensasi, sementara eksportir merasa telah memenuhi kewajiban sesuai kontrak.
Keterlambatan bisa terjadi akibat masalah logistik, cuaca buruk, atau hambatan administratif di pelabuhan dan Bea Cukai. Jika kontrak tidak mengatur secara rinci tanggung jawab atas keterlambatan, salah satu pihak bisa merasa dirugikan dan membawa masalah tersebut ke jalur hukum atau arbitrase.
Kesalahpahaman terhadap ketentuan tersebut sering menyebabkan perdebatan mengenai siapa yang harus menanggung kerusakan barang selama pengiriman atau siapa yang wajib membayar bea dan pajak impor.
Bentuk pembayaran seperti Letter of Credit (L/C) atau Telegraphic Transfer (TT), meskipun bertujuan untuk memberikan jaminan transaksi, tetap berpotensi menimbulkan perselisihan jika terjadi kesalahan dokumen atau ketidaksesuaian dengan syarat L/C.