Pelabuhan ini menjadi lokasi pertama bagi petugas Bea dan Cukai untuk melakukan pengawasan terhadap arus barang yang datang melalui laut, udara, maupun darat.
Penetapan pelabuhan masuk sangat penting untuk memusatkan pemeriksaan, mempermudah pelayanan, dan memperkuat pengendalian terhadap barang yang berpotensi melanggar ketentuan kepabeanan. Di pelabuhan masuk, seluruh barang impor wajib melalui serangkaian proses seperti penyerahan dokumen, verifikasi manifest, pemeriksaan fisik bila diperlukan, dan pembayaran pungutan negara.
Pelabuhan masuk juga menjadi titik koordinasi antara Bea dan Cukai, operator pelabuhan, PPJK, dan instansi teknis lain untuk memastikan bahwa impor berlangsung lancar tanpa mengabaikan aspek keamanan. Dengan adanya pelabuhan masuk yang terstruktur, negara dapat mengawasi masuknya barang secara efektif sekaligus memfasilitasi kelancaran perdagangan internasional.