Sengketa pajak timbul akibat adanya perbedaan pendapat antara Wajib Pajak dengan otoritas pajak mengenai pelaksanaan hak dan kewajiban perpajakan. Sengketa ini umumnya berkaitan dengan penetapan jumlah pajak terutang, sanksi administrasi, atau penolakan hak Wajib Pajak seperti restitusi. Dasar hukumnya berasal dari peraturan perundang undangan di bidang perpajakan, seperti undang undang ketentuan umum dan tata cara perpajakan serta undang undang pajak masing masing jenis pajak.
Sementara itu, sengketa kepabeanan muncul akibat perbedaan penafsiran atau penetapan oleh Bea dan Cukai terhadap kewajiban pabean dalam kegiatan ekspor dan impor. Sengketa ini berkaitan dengan klasifikasi barang, nilai pabean, tarif bea masuk atau bea keluar, asal barang, serta pemenuhan ketentuan larangan dan pembatasan. Dasar hukumnya adalah undang undang kepabeanan dan peraturan pelaksanaannya.
Dari sisi objek sengketa, sengketa pajak berfokus pada pajak dalam negeri seperti pajak penghasilan, pajak pertambahan nilai, dan pajak penjualan atas barang mewah. Sedangkan sengketa kepabeanan berfokus pada pungutan negara di bidang ekspor dan impor, termasuk bea masuk, bea keluar, dan pajak dalam rangka impor.
Perbedaan juga terlihat pada tahapan penyelesaian. Sengketa pajak biasanya diawali dengan pemeriksaan pajak, kemudian keberatan kepada otoritas pajak, dan dapat dilanjutkan dengan banding atau gugatan ke Pengadilan Pajak. Sengketa kepabeanan juga mengenal mekanisme keberatan dan banding, namun sering kali memiliki batas waktu yang lebih singkat dan karakter administrasi yang lebih cepat karena terkait kelancaran arus barang.
Meskipun berbeda, sengketa pajak dan sengketa kepabeanan bertemu pada lembaga penyelesaian yang sama, yaitu Pengadilan Pajak. Namun substansi pemeriksaan dan pendekatan hukumnya tetap berbeda sesuai dengan karakter masing masing sengketa.
Dengan memahami perbedaan ini, Wajib Pajak dan pelaku ekspor impor dapat menentukan strategi hukum yang tepat serta meminimalkan risiko sengketa dengan otoritas pajak dan Bea Cukai.