Dasar utama dalam perhitungan bea masuk adalah nilai pabean. Nilai pabean pada umumnya didasarkan pada nilai transaksi barang yang diimpor, yaitu harga yang sebenarnya dibayar atau seharusnya dibayar oleh importir kepada penjual. Nilai ini kemudian disesuaikan dengan komponen biaya tertentu sesuai ketentuan kepabeanan.
Selain nilai pabean, perhitungan bea masuk juga bergantung pada tarif bea masuk yang berlaku. Tarif ditetapkan berdasarkan klasifikasi barang dalam sistem klasifikasi kepabeanan. Setiap jenis barang memiliki tarif yang berbeda sesuai kebijakan perdagangan dan perlindungan industri dalam negeri.
Setelah nilai pabean dan tarif ditentukan, besarnya bea masuk dihitung dengan mengalikan nilai pabean dengan tarif bea masuk. Hasil perhitungan ini menjadi kewajiban pokok bea masuk yang harus dibayar oleh importir sebelum barang dapat dikeluarkan dari kawasan pabean.
Dalam kondisi tertentu, perhitungan bea masuk dapat dipengaruhi oleh fasilitas kepabeanan. Fasilitas seperti pembebasan, keringanan, atau penangguhan bea masuk dapat mengurangi atau menunda kewajiban pembayaran sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
Perhitungan bea masuk juga harus memperhatikan kemungkinan adanya pungutan tambahan, seperti bea masuk antidumping, bea masuk imbalan, atau bea masuk tindakan pengamanan. Pungutan tambahan ini dihitung di luar bea masuk utama apabila syarat pengenaannya terpenuhi.
Secara keseluruhan, perhitungan bea masuk merupakan mekanisme yang mengintegrasikan aspek hukum, ekonomi, dan administrasi. Ketepatan dalam perhitungan ini sangat penting untuk menjamin kepastian hukum, kelancaran impor, dan perlindungan terhadap hak serta kewajiban importir.