Ketika barang tiba, pihak pengangkut wajib menyerahkan manifest atau daftar muatan kepada Bea dan Cukai. Manifest menjadi dasar identifikasi barang yang masuk dan menjadi pembanding terhadap dokumen dari pihak importir. Setelah itu importir atau PPJK menyiapkan seluruh dokumen pendukung seperti invoice, packing list, bill of lading atau airway bill, dan izin teknis apabila barang masuk kategori yang diawasi oleh kementerian atau lembaga tertentu. Semua dokumen tersebut kemudian digunakan untuk mengajukan pemberitahuan impor barang atau PIB secara elektronik melalui sistem kepabeanan.
Setelah PIB disampaikan, sistem akan melakukan penelitian baik secara otomatis maupun manual sesuai tingkat risiko barang. Sistem menentukan jalur pemeriksaan yang meliputi jalur hijau tanpa pemeriksaan fisik, jalur kuning dengan penelitian dokumen, atau jalur merah yang mewajibkan pemeriksaan fisik. Penentuan jalur ini dilakukan berdasarkan profil importir, jenis barang, dan riwayat kepatuhan. Bila jalur merah, petugas Bea dan Cukai akan membuka dan memeriksa isi barang untuk memastikan kesesuaian dengan deklarasi yang diajukan.
Pada tahap berikutnya dilakukan perhitungan bea masuk dan pajak dalam rangka impor. Besaran pungutan ini ditentukan oleh klasifikasi barang berdasarkan kode HS, nilai pabean, dan tarif yang berlaku. Nilai pabean dihitung dari nilai transaksi barang ditambah biaya-biaya lain sesuai ketentuan kepabeanan. Setelah perhitungan dilakukan, importir wajib melakukan pembayaran melalui bank persepsi atau kanal pembayaran yang telah ditetapkan. Pembayaran ini menjadi syarat untuk mendapatkan persetujuan pengeluaran barang.
Bea dan Cukai kemudian menerbitkan dokumen persetujuan pengeluaran barang yang disebut SPPB. Dokumen ini menandai bahwa seluruh kewajiban fiskal telah dipenuhi dan barang dapat keluar dari pelabuhan atau bandara untuk didistribusikan ke gudang importir. Tanpa SPPB, barang tidak bisa dikeluarkan dari kawasan pabean dan tetap berada dalam pengawasan negara.
Seluruh prosedur ini dirancang untuk menciptakan transparansi, memastikan keamanan, menghindari penyelundupan, serta mengoptimalkan penerimaan negara dari kegiatan impor. Importir yang memahami prosedur ini dengan baik akan memperoleh kelancaran dalam proses pemasukan barang, menghindari pemeriksaan yang tidak perlu, dan meminimalkan potensi biaya tambahan akibat kesalahan administrasi. Dengan kepatuhan penuh terhadap prosedur bea masuk, kegiatan impor dapat berjalan efektif, efisien, dan tetap berada dalam koridor hukum kepabeanan.