Putusan keberatan dapat berupa penolakan, pengabulan sebagian, atau pengabulan seluruhnya atas keberatan yang diajukan. Dalam hal keberatan ditolak, penetapan Bea dan Cukai tetap berlaku sebagaimana semula. Apabila keberatan dikabulkan sebagian atau seluruhnya, maka penetapan yang disengketakan diperbaiki sesuai dengan hasil pemeriksaan keberatan.
Dalam proses pengambilan putusan keberatan, otoritas yang berwenang melakukan penelitian terhadap dokumen, data, dan alasan hukum yang diajukan oleh pemohon. Penilaian dilakukan untuk memastikan kesesuaian penetapan dengan ketentuan peraturan perundang undangan kepabeanan.
Putusan keberatan memiliki kekuatan hukum administratif dan menjadi dasar bagi pelaksanaan kewajiban pabean yang baru. Apabila putusan keberatan menimbulkan kelebihan pembayaran, pelaku usaha berhak mengajukan pengembalian bea masuk atau pungutan lainnya sesuai ketentuan yang berlaku.
Meskipun bersifat final di tingkat administratif, putusan keberatan bukanlah akhir dari upaya hukum. Pelaku usaha yang tidak menerima putusan keberatan masih dapat mengajukan banding ke Pengadilan Pajak sebagai bentuk perlindungan hak dan pencarian keadilan.
Secara keseluruhan, putusan keberatan merupakan bagian penting dalam sistem penyelesaian sengketa kepabeanan. Keberadaan mekanisme ini mencerminkan prinsip due process of law dan menjamin adanya keseimbangan antara kewenangan negara dan hak pelaku usaha.