Sengketa pertama yang paling banyak terjadi adalah sengketa mengenai klasifikasi barang. Dalam kepabeanan, penentuan pos tarif sangat menentukan besaran bea masuk dan ketentuan larangan atau pembatasan. Perbedaan penafsiran antara perusahaan dan Bea dan Cukai mengenai karakteristik barang, spesifikasi teknis, atau fungsi utama barang sering menjadi pemicu perselisihan. Ketidaktepatan klasifikasi dapat menyebabkan pembebanan tarif yang lebih tinggi atau penolakan fasilitas tertentu, sehingga memicu keberatan atau banding.
Sengketa berikutnya berkaitan dengan penetapan nilai pabean. Penilaian ini menjadi dasar perhitungan bea masuk dan pajak lainnya. Perbedaan pemahaman mengenai harga transaksi, biaya tambahan yang harus diperhitungkan, atau keraguan terhadap kewajaran harga suatu barang kerap memunculkan penetapan kembali oleh Bea dan Cukai. Perusahaan biasanya menolak penetapan tersebut jika merasa sudah memenuhi ketentuan dan dokumen pembuktian dianggap cukup. Nilai pabean merupakan salah satu sengketa yang paling sering diajukan ke tahap banding.
Sengketa lain muncul dari ketidaksesuaian asal barang. Asal barang atau origin menentukan besaran tarif serta kelayakan fasilitas seperti preferensi tarif melalui perjanjian perdagangan bebas. Perbedaan penilaian terhadap keaslian Certificate of Origin, ketidaksesuaian proses produksi, atau perubahan substansial barang sering menjadi dasar perselisihan. Jika asal barang dianggap tidak memenuhi ketentuan, maka fasilitas preferensi tarif dapat dibatalkan sehingga menimbulkan keberatan dari importir.
Dalam kegiatan ekspor, sengketa juga terjadi terkait pemenuhan ketentuan larangan dan pembatasan. Barang tertentu memerlukan izin atau dokumen khusus sebelum dapat diekspor. Perbedaan penilaian terhadap kelengkapan dokumen, kesesuaian spesifikasi barang, atau ketentuan teknis lainnya sering memicu tindakan penundaan atau penolakan ekspor. Pelaku usaha biasanya mengajukan keberatan jika merasa semua persyaratan sudah dipenuhi sesuai aturan.
Sengketa mengenai audit kepabeanan pasca impor juga semakin sering muncul. Melalui audit, otoritas kepabeanan menelusuri dokumen dan transaksi perusahaan untuk memastikan kepatuhan. Tidak jarang hasil audit menetapkan kekurangan pembayaran, sanksi, atau perubahan pemahaman atas transaksi tertentu. Perusahaan biasanya menolak hasil audit jika ditemukan penafsiran yang dianggap tidak sesuai dengan praktik transaksi yang sebenarnya.
Selain itu, sengketa terkait sanksi administrasi dan penindakan juga cukup sering terjadi. Beberapa kasus muncul karena ketidaktepatan waktu penyampaian dokumen, kekeliruan administratif, atau dugaan pelanggaran yang dinilai tidak sebanding dengan fakta yang ada. Perusahaan kemudian mengajukan keberatan terhadap sanksi tersebut sebagai upaya menjaga kepastian usaha.
Secara keseluruhan, sengketa dalam ekspor dan impor di Bea dan Cukai umumnya berakar pada perbedaan interpretasi, ketidaktepatan data, atau penilaian teknis atas barang. Sengketa ini menjadi bagian dari mekanisme kontrol untuk memastikan kepatuhan dan keadilan dalam proses perdagangan internasional. Penyelesaiannya melalui jalur keberatan, banding, dan upaya hukum lainnya memberikan ruang bagi pelaku usaha untuk mendapatkan kepastian hukum dalam setiap transaksi perdagangan lintas batas.