Penerimaan dari sektor kepabeanan terutama berasal dari pungutan yang dikenakan atas barang impor. Yang paling utama adalah bea masuk, yaitu pungutan negara atas barang yang dimasukkan ke dalam wilayah pabean. Bea masuk dapat bersifat umum, preferensi, maupun anti-dumping tergantung jenis dan kebijakan perdagangan yang berlaku. Selain itu, terdapat pungutan berupa bea keluar yang dikenakan atas barang ekspor tertentu untuk menjaga ketersediaan bahan baku di dalam negeri atau mengendalikan harga komoditas strategis. Pajak dalam rangka impor seperti PPN, PPh Pasal 22 impor, dan PPnBM juga menjadi bagian dari total penerimaan yang dikelola melalui mekanisme kepabeanan meskipun tercatat sebagai penerimaan perpajakan.
Dari sisi cukai, penerimaan utamanya berasal dari pungutan atas barang kena cukai yaitu hasil tembakau, minuman beralkohol, dan etil alkohol. Cukai hasil tembakau merupakan penyumbang terbesar karena volume konsumsinya yang tinggi dan struktur tarif yang terus disesuaikan oleh pemerintah. Selain pungutan cukai itu sendiri, ada juga penerimaan dari denda administrasi, sanksi atas pelanggaran cukai, serta hasil lelang barang sitaan atau barang milik negara yang berasal dari pelanggaran kepabeanan dan cukai.
Penerimaan kepabeanan dan cukai tidak hanya berasal dari pungutan utama tetapi juga dari berbagai penerimaan lain seperti biaya penyimpanan, biaya administrasi, serta penerimaan dari fasilitas tertentu yang dikenai tarif khusus. Semua sumber penerimaan ini berfungsi menjaga keseimbangan fiskal, melindungi masyarakat dari barang berbahaya, mendukung industri nasional, serta memastikan aktivitas perdagangan internasional berjalan sesuai aturan yang berlaku.