Dalam tahap ini, pelaku usaha wajib menunjukkan bahwa penetapan Bea Cukai tidak sesuai dengan fakta atau ketentuan hukum. Sebaliknya, Bea Cukai berkewajiban mempertahankan penetapan awal dengan dasar regulasi, data verifikasi, dan pemeriksaan lapangan. Pengadilan atau otoritas pemeriksa akan menilai kekuatan masing-masing bukti secara objektif.
Pembuktian sangat menentukan arah putusan akhir sengketa. Oleh karena itu, ketelitian dalam penyusunan dokumen, konsistensi data, serta pemahaman terhadap aturan internasional menjadi faktor yang sangat berpengaruh. Tahap pembuktian memastikan bahwa keputusan dalam sengketa bukan berdasarkan asumsi, tetapi pada fakta dan dasar hukum yang jelas.